Teknik direktörlük hayatına 2005 yılında Gençlerbirliği'ni çalıştırarak başlayan Bakkal, daha sonra bir diğer kırmızı-siyahlı takım olan Gaziantepspor'da görev yaptı. 2008 yılında yeniden Gençlerbirliği'nin başına geçen Bakkal, daha sonra ise bir dönem altyapısında çalıştığı Denizlispor, Manisaspor ve Sivasspor'da da teknik direktörlük görevini üstlenmişti.
Sarı-lacivertli takımın başına gelen Mesut Bakkal'ın yardımcılıklarını yapacak isimler de belli oldu. Ankaragücü'nün eski kaptanlarından Hayati Soydaş, eski futbolculardan İsmet Taşdemir, Timur Atalay ve Veysel Aturgil'in Bakkal'ın yardımcılığını yapacağı açıklandı.