Prof. Dr. Vedat Bilgin istifasıyla ilgili yaptığı açıklamada, “Gerekçelerimi istifamda yazdım. MHP’nin takip ettiği politikalar hakkındaki görüşlerimi aylar önce ayrıntılı bir rapor olarak genel merkeze ve Sayın Bahçeli’ye bildirmiştim. Bugün gelinen nokta bana, ortaya konan politikaların partiyle birlikte siyaset etme imkânının tamamen ortadan kalktığını göstermektedir. Bu nedenle partideki bütün görevlerimden istifa ettim. Nedenlerini kamuoyuyla paylaşmam ahlâki olmaz. Eğer istifamla ilgili bana birtakım şeyler söylenirse o zaman açıklama yaparım.”
Bilgin’in istifasının izleri, daha önce yaptığı değerlendirmeler ve açıklamalarda sürülebilir. Bilgin MHP’ye yönelik eleştirilerinde daha çok milliyetçilik ve demokrasi arasındaki bağlar üzerinde duruyor; militarist düşünceyi, darbeleri ve cuntaları sorguluyordu. Bilgin, militarist dünya görüşünün ulusalcılık adı altında savunulmasından da rahatsızdı.
Bilgin’in, Ağustos ayında da Bahçeli’nin danışmanlığı görevinden ayrıldığı iddia edilmiş, buna gerekçe olarak da Bilgin’in 12 Eylül’deki Anayasa değişikliği referandumunda ‘evet’ oyunu savunması gösterilmişti. Ancak bu haber daha sonra yalanlanmıştı.