Whatsapp'a yakın zamanda yeni bir doğrulama sistemi geldi. Ayarlar>hesap>iki aşamalı doğrulama sekmelerine tıkladıktan sonra burada açılan ekranda kullanıcılar şifre belirleyebilecek. Bu özelliği kullanmak zorunlu değil. WhatsApp bu önlemi kullanıcıların isteğine bırakıyor. Fakat güvenliği artırmak istediğinizde oluşturmak istediğiniz şifreyi unutmamanız gerekiyor. Zira WhatsApp bu konuda çok katı kural uyguluyor.
 
İki adımlı doğrulama özelliğini kullanmak istediğinizde 6-haneli dijital şifre oluşturuyorsunuz. Telefon değiştirdiğinizde veya WhatsApp'ı telefonunuza yeniden kurduğunuzda, WhatsApp sizden SMS onayının yanı sıra bu 6-haneli şifreyi de istiyor. Şifreyi unutursanız WhatsApp'ı 7 gün süreyle kullanamıyorsunuz.
 
7 günün sonunda ise tüm geçmiş yazışmalar silinerek SMS onayı ile uygulamaya erişebiliyorsunuz. Şifreyi unutma riskine karşı WhatsApp'ın e-mail alternatifi de bulunuyor. İki adımlı doğrulama özelliğini kullanmak istediğinizde uygulama size isteğe bağlı olarak e-mail adresi soruyor. Şifreyi unuttuğunuzda e-mail ile doğrulama yapabiliyorsunuz. Fakat e-mail adresi belirtmediyseniz WhatsApp 7 gün boyunca kullanılamıyor.