Bardakoğlu, referandumla ilgili olarak Diyanet'in yayınladığı genelgenin sorulması üzerine, "Bu genelgeyi her seçim döneminde yayınlıyoruz. Bu yeni bir şey değil. Diyanet İşleri Başkanlığı her kesimin, her toplumun başkanlığıdır. Siyasetin dışında değil, üzerindeyiz. Siyasi tartışmalar Ramazan'ın manevi havasını asla bozamayacaktır. Aksine manevi coşku

ve havasını artıracaktır. Bütün insanlarda belli bir sükunete, sevgi ve saygıya yol açacaktır. Başkanlığın ödün vermeden titizlikle uyguladığı bir kuraldır. Siyasetin üzerinde kalma, kendi işini doğru yapma, kendi işinden başkasının işine karışmama ve başkasını da kendi işine karıştırmama prensibiyle çalışmaktadır" diye konuştu.

Prof. Dr. Ali Bardakoğlu, Mezhepler Genel Müdürlüğü kurulmasıyla ilgili bir soruya da, "Bu bir fikirdir. Bu konu sükunetle tartışılır. Köprüler altından çok su akıtır ve durulur" şeklinde yanıt verdi.