Aynı zamanda eski devlet başkanı Pervez Müşerref'in yargılandığı davanın da savcıları arasında olan Zülfikar, bugün Butto davasının oturumuna katılmak üzere evinden ayrıldıktan sonra aracında suikaste uğradı. Polis, motosikletli saldırganların aracı kurşun yağmuruna tuttuklarını belirterek, "Saldırganların kimliğini bilmiyoruz. 12 el ateş açılmış" dedi. Hindistan'ın ticari başkenti Mumbai'de 2008'de, 166 kişinin ölümüyle sonuçlanan terör saldırılarına ilişkin davayı da soruşturan Zülfikar'ın olay yerinde hayatını kaybettiği belirtildi. Güvenlik uzmanı Amir Rana, Zülfikar'ın, Butto'nun ölümüyle bağlantılı oldukları gerekçesiyle tutuklu bulunan militanlara yönelik soruşturması veya diğer davalardaki iddianameleri dolayısıyla militanlarca istenmeyen adam ilan edilmiş olabileceğini dile getirdi. 2007'de, Rawalpindi'deki seçim mitingi sırasında 15 yaşındaki bir çocuk tarafından gerçekleştirilen saldırıda hayatını kaybeden Butto suikastinin arkasında kimlerin olduğu hala aydınlatılabilmiş değil. 2010'da BM araştırma komisyonu tarafından hazırlanan raporda, Pakistan ordusunda görevli subayların da davaya dahil edilebileceği ifade edilmişti. Bir dönem Pakistan ordusundaki bazı unsurların işbirliği yaptığı Taliban ve diğer militan gruplara yönelik sert eleştirileri olan Butto'nun, ölümünden önce güvenlik teşkilatlarınca "güvenilimez" bir isim olarak nitelendirildiği belirtiliyordu. Butto suikastine ilişkin iddialardan biri de, eski başbakanın, Müşerref'in müttefikleri tarafından iktidara gelmemesi için kurulan bir komplonun mağduru olduğu yönünde.Görevini kötüye kullanmaktan yargılanan Müşerref'in, ayrıca Butto suikastinde rolü olduğu gerekçesiyle hakkında soruşturma bulunuyor.