Başbuğ, kendisini tutuklayan mahkemede şunları söyledi:

"Bu suçu reddediyorum. Bu suçlamayla itham edilen kişi, Türkiye Cumhuriyeti Devletinin 26. Genelkurmay başkanıdır. Bunu tarihe not olarak düşmekte yarar görüyorum...

Ben Genelkurmay Başkanı olarak TSK’nın komutanıyım ki bu TSK, dünyanın sayılı en güçlü ordularından biridir. Böyle bir orduya komuta eden birisinin, silahlı terör örgütü kurmak ve yönetmekle suçlanmasına gerçekten trajikomik diyebiliriz.

Ben 2002 yılı 30 Ağustosun da orgeneralliğe terfi ettim ve 2003 Ağustosu itibariyle Genelkurmay İkinci Başkanlığı görevine atandım. Bu görevi yaptığım 2003-2005 yılları arasında çeşitli vesilelerle sayın Cumhurabaşkanı ve gerekirse sayın Başbakan ile çalışmalarımız oldu. Yine bu siyasi iktidar tarafından 2006 yılında Kara Kuvvetleri Komutanı olarak atandım. Yine şu andaki hükümetimiz tarafından, 2008-2010 yılları arasında Genelkurmay Başkanlığı görevine getirildim.

Sayın Cumhurbaşkanı ve Başbakan'la ve MGK üyesi olarak bu hükümetin bakanlarıyla birlikte çalıştık. Şimdi elbette devletimizin istihbarat olanakları ve imkanları var. Bu kadar sene siyasi otoritenin en büyük makamlarıyla beraber çalışıyoruz ve benim o dönemlerde silahlı bir terör örgütü kurmam ve yönetmem tespit edilmemiştir ki bu üzerinde durulması gereken bir nokta.

Tespit edilmiş ve bu görevde tutulmuşsam bu da ayrı bir nokta. Bu suçlamayla emekli olduktan 1.5 sene sonra karşı karşıya kaldım. Çünkü üzücü ve anlaşılması zor olan, eğer ki benim bu faaliyetleri aktif görevim esnasında yaptığım iddia ediliyorsa ve bu faaliyetlerim o zaman devletin yetkili makamlarınca anlaşılmamışsa bunu da anlamak mümkün değildir.

Netice olarak, böyle bir idddiayı duymak, işitmek; silahlı kuvetler bünyesinde ülkeye ve devlete şerefiyle görev yapmış bir general olarak onuruma dokunmaktadır. Bir Genelkurmay Başkanının silahlı terör örgütü kurmakla suçlanması; bu bana verilecek en büyük cezadır. Bunun bu şekilde söylenmesi bile bana verilecek en büyük cezadır, daha büyüğünün olacağını düşünmüyorum.

Taktir mahkemenizindir, bizler gelip geçiciyiz ancak sizler tarihe not düşeceksiniz."